Chimärismus Analyse

QTRACE^® Chimärismus Analyse

Die QTRACE^® Genotypisierungs-Platte, der Monitoring Testansatz und die Software eignen sich hervorragend für jede Fragestellung, die eine hochsensitive Detektion und Quantifizierung des Genoms eines Individuums im Hintergrund eines anderen Indivduums oder Individuen erfordert. Eine genetische Chimäre ist ein Organismus mit zwei oder mehr genetisch unterschiedlichen Zellpopulationen, also Zellpopulationen mit unterschiedlichen Genomen.
Dem menschlichen Chimärismus können viele Ursachen zugrunde liegen, wie Vererbung, maternale-fetale Stammzellübertragung während der Schwangerschaft, geteilte Blutgefäße zweieiiger Zwillinge während der Gestation, Bluttransfusionen, Knochenmarkstransplantationen und Transplanationen solider Organe.

Die Anwesenheit von zwei verschiedenen Humangenomen kann auch einfach durch die Vermischung von Zellen zweier Individuen entstehen, z.B. durch eine Crosskontamination zweier Zelllinien oder in forensischen Gewebeproben.

Im Monitoring Test (Quantifizierung) werden ein oder mehrere informative Assays, die im Genotypisierungs-Test identifiziert wurden für die quantitative Bestimmung von DNA in Relation zu einer Referenzprobe ermittelt. Jeder in der Genotypisierung als informativ identifizierter Assay kann für die Quantifizierung eingesetzt werden. Die DNA Menge der Probe wird in Relation zu der Menge des gleichen Genoms in der Referenzprobe bestimmt und das Ergebnis in Prozent (Ratio) angegeben. Zum Beispiel bedeutet 5 %, dass 5 % des Genoms A in einer unbekannten Probe in Relation zur Referenzprobe vorliegt. Im einfachsten Fall wird angenommen, dass in der Referenzprobe zu 100 % das Genom A abbildet.

Der Informationsgehalt eines multi-locus Genotypisierungspanels ist ein Maß für die Wahrscheinlichkeit mindestens einen informativen Assay zwischen zwei individuellen Genomen (oder DNA Proben) zu identifizieren. Der Informationsgehalt wird anhand der Auftretensfrequenz des Alleles in einer Population berechnet und unterscheidet sich daher zwischen verschiedenen ethnischen Populationen. Darüber hinaus ist der Informationsgehalt jedes Panel polymorpher Loci höher in nicht miteinander verwandten Individuen als in Verwandten.
Sobald die für den Empfänger spezifischen Marker gefunden wurden wird die Quantifizierung zum Monitoring des Anwachsens durchgeführt. Der Anteil der DNA, die positiv für die informativen Marker des unbekannten Gemischs wird in Relation zur reinen Referenzprobe bestimmt und das Ergebnis in Prozent dargestellt.
Die QTRACE^® Assays bieten eine schnelle (Ergebnis liegt innerhalb von 2.5 Stunden vor) und sensitive (die validierte Detektionsgrenze liegt bei 0.1% der kleineren DNA Menge in einem genomischen DNA Gemischs beim Einsatz von 150 ng DNA) Lösung für die Chimärismus-Analyse an.
Die QTRACE^® Software wurde speziell für die Auswertung der QTRACE^® INDEL Assays entwickelt. Die Software bildet einen stromlinienförmigen Workflow für die Genotypisierung und das Monitoring an. Der Anwender wird den Testansatz geführt und die Software berechtnet automatisch das Ergebnis, erstellt die Befunde und speichert die erhobenen Daten der Probe für die Zukunft.