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Chimärismus Analyse

QTRACE® Chimärismus Analyse

Hintergrundinformation

Die QTRACE® Genotypisierungs-Platte, der Monitoring Testansatz und die Software eignen sich hervorragend für jede Fragestellung, die eine hochsensitive Detektion und Quantifizierung des Genoms eines Individuums im Hintergrund eines anderen Indivduums oder Individuen erfordert. Eine genetische Chimäre ist ein Organismus mit zwei oder mehr genetisch unterschiedlichen Zellpopulationen, also Zellpopulationen mit unterschiedlichen Genomen.
Dem menschlichen Chimärismus können viele Ursachen zugrunde liegen, wie Vererbung, maternale-fetale Stammzellübertragung während der Schwangerschaft, geteilte Blutgefäße zweieiiger Zwillinge während der Gestation, Bluttransfusionen, Knochenmarkstransplantationen und Transplanationen solider Organe.

Die Anwesenheit von zwei verschiedenen Humangenomen kann auch einfach durch die Vermischung von Zellen zweier Individuen entstehen, z.B. durch eine Crosskontamination zweier Zelllinien oder in forensischen Gewebeproben.

Ihr Ansprechpartner
Dr. Jan Konietzka
Telefon: +49 6173 6079 30
E-Mail: j.konietzka@inno-train.de
Produktübersicht

Die QTRACE® Chimärismus Analyse basiert auf der qPCR Technik und besteht aus DNA Genotypisierungsplatten, 46 individuelle INDEL Assays zur Durchführung des Monitorings (Quantifizierung), einem Referenz-Assays und der QTRACE® Software. Informative QTRACE® INDEL Assays erlauben die quantitative Bestimmung von Empfänger-DNA nach Transplantation. Hierbei kann ein Anteil von 0.05% Empfängerzellen innerhalb der Spender-Hämatopoese nachgewiesen werden.

Jeder der 46 INDEL Assays weist eine begrenzte biallelische Insertion/Deletion (INDEL) oder einen Kopie Nummer Polymorphismus im menschlichen Genom nach. Die QTRACE® Software führt den Anwender durch den Testansatz für die Genotypisierung und Quantifizierung und berechnet das Ergebnis. Die Bestimmung der Menge eines Genoms von Interesse in einer Probe besteht aus zwei Schritten: einen Genotypisierung und einer Quantifizierung über informative INDEL Assays.

Genotypisierung

Der initiale Genotypisierungsansatz dient der Bestimmung informativer genetischer Marker einer DNA-Probe mittels der QTRACE® Genotypisierungs-Platte. Ein informativer Assay ermittelt ob ein Marker Allel in einem bestimmten Genome vorhanden (positiv) und in einem anderem Genom abwesend (negativ) ist. Die optische qPCR Platte enthält zwei identische Sets von 46 vorgetropften und getrockneten Quantifizierungs-Assays und dem Referenz-Assays (RNaseP), welcher sowohl as Positivkontrolle und Negativkontrolle (NTC – No Template Contro) fungiert. Der QTRACE® qPCR Master Mix beinhaltet dUTP und UNG als integrierte Kontaminationskontrolle.

Die QTRACE® Genotypisierungs-Platten sind zur einfachen Lagerung und Anwendung luftdicht in Aluminiumbeutel verpackt. Das Typisierungsprotokoll ist kinderleicht: die DNA wird mit dem qPCR Master Mix gemischt und auf die Platte aliquotiert, die die getrockneten Assays enthält.

QTRACE® Genotyping Plate
ArtikelnummerName
RUONot for use in diagnostic procedures - USA and Canada
121045QTRACE® Genotyping Plates
121056QTRACE® Genotyping Plate Pack - FAST
121066QTRACE® Genotyping Plates - LC480
121129MultiTRACE TM Genotyping Plate Rack - ABI 0.2 ml
Monitoring Test (Quantifizierung)

Im Monitoring Test (Quantifizierung) werden ein oder mehrere informative Assays, die im Genotypisierungs-Test identifiziert wurden für die quantitative Bestimmung von DNA in Relation zu einer Referenzprobe ermittelt. Jeder in der Genotypisierung als informativ identifizierter Assay kann für die Quantifizierung eingesetzt werden. Die DNA Menge der Probe wird in Relation zu der Menge des gleichen Genoms in der Referenzprobe bestimmt und das Ergebnis in Prozent (Ratio) angegeben. Zum Beispiel bedeutet 5 %, dass 5 % des Genoms A in einer unbekannten Probe in Relation zur Referenzprobe vorliegt. Im einfachsten Fall wird angenommen, dass in der Referenzprobe zu 100 % das Genom A abbildet.

Der Informationsgehalt eines multi-locus Genotypisierungspanels ist ein Maß für die Wahrscheinlichkeit mindestens einen informativen Assay zwischen zwei individuellen Genomen (oder DNA Proben) zu identifizieren. Der Informationsgehalt wird anhand der Auftretensfrequenz des Alleles in einer Population berechnet und unterscheidet sich daher zwischen verschiedenen ethnischen Populationen. Darüber hinaus ist der Informationsgehalt jedes Panel polymorpher Loci höher in nicht miteinander verwandten Individuen als in Verwandten.
Sobald die für den Empfänger spezifischen Marker gefunden wurden wird die Quantifizierung zum Monitoring des Anwachsens durchgeführt. Der Anteil der DNA, die positiv für die informativen Marker des unbekannten Gemischs wird in Relation zur reinen Referenzprobe bestimmt und das Ergebnis in Prozent dargestellt.
Die QTRACE® Assays bieten eine schnelle (Ergebnis liegt innerhalb von 2.5 Stunden vor) und sensitive (die validierte Detektionsgrenze liegt bei 0.1% der kleineren DNA Menge in einem genomischen DNA Gemischs beim Einsatz von 150 ng DNA) Lösung für die Chimärismus-Analyse an.
Die QTRACE® Software wurde speziell für die Auswertung der QTRACE® INDEL Assays entwickelt. Die Software bildet einen stromlinienförmigen Workflow für die Genotypisierung und das Monitoring an. Der Anwender wird den Testansatz geführt und die Software berechtnet automatisch das Ergebnis, erstellt die Befunde und speichert die erhobenen Daten der Probe für die Zukunft.

QTRACE® INDEL Assays
ArtikelnummerName
RUONot for use in diagnostic procedures - USA and Canada
211001QTRACE® INDEL Assay 137
211002QTRACE® INDEL Assay 148
211003QTRACE® INDEL Assay 209
211004QTRACE® INDEL Assay 235
211005QTRACE® INDEL Assay 240
211006QTRACE® INDEL Assay 267
211007QTRACE® INDEL Assay 291
211008QTRACE® INDEL Assay 305
211009QTRACE® INDEL Assay 312
211010QTRACE® INDEL Assay 326
211011QTRACE® INDEL Assay 345
211012QTRACE® INDEL Assay 356
211013QTRACE® INDEL Assay 359
211014QTRACE® INDEL Assay 361
211055QTRACE® INDEL Assay 373
211064QTRACE® INDEL Assay 386
211015QTRACE® INDEL Assay 408
211016QTRACE® INDEL Assay 425
211017QTRACE® INDEL Assay 434
211018QTRACE® INDEL Assay 469
211019QTRACE® INDEL Assay 504
211054QTRACE® INDEL Assay 519
211020QTRACE® INDEL Assay 520
211021QTRACE® INDEL Assay 531
211022QTRACE® INDEL Assay 548
211023QTRACE® INDEL Assay 601
211024QTRACE® INDEL Assay 615
211025QTRACE® INDEL Assay 626
211026QTRACE® INDEL Assay 634
211027QTRACE® INDEL Assay 650
211028QTRACE® INDEL Assay 706
211065QTRACE® INDEL Assay 710
211051QTRACE® INDEL Assay 721
211029QTRACE® INDEL Assay 736
211030QTRACE® INDEL Assay 748
211053QTRACE® INDEL Assay 755
211031QTRACE® INDEL Assay 768
211032QTRACE® INDEL Assay 784
211033QTRACE® INDEL Assay 803
211052QTRACE® INDEL Assay 819
211034QTRACE® INDEL Assay 824
211035QTRACE® INDEL Assay 832
211036QTRACE® INDEL Assay 840
211037QTRACE® INDEL Assay 854
211039QTRACE® INDEL Assay 907
211040QTRACE® INDEL Assay 916
211041QTRACE® INDEL Assay 948
211042QTRACE® INDEL Assay 954
311043QTRACE® RNaseP Assay
311044QTRACE® qPCR Master Mix
QTRACE® Analysis Software
ArtikelnummerName
RUONot for use in diagnostic procedures- USA and Canada
341048QTRACE® Analysis Software

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